Лаборатория № 8 - Лаборатория молекулярно-клеточных основ сельскохозяйственной радиобиологии
|
Заведующий лабораторией кандидат биологических наук Бондаренко Екатерина Валерьевна Тел. +7 (484) 399-69-91 E-mail: Этот адрес электронной почты защищён от спам-ботов. У вас должен быть включен JavaScript для просмотра. |
Лаборатория № 8 была создана в 2019 г. в рамках национального проекта «Наука», при этом основным условием создания лаборатории являлся молодой возраст большинства сотрудников (до 35 лет). При создании лаборатории в институт были привлечены восемь новых молодых сотрудников. Лабораторию возглавила кандидат биологических наук Волкова Полина Юрьевна, ранее – ведущий научный сотрудник лаборатории № 6. Задачей лаборатории стало проведение фундаментальных исследований в области молекулярной радиобиологии и оценка прикладного потенциала молекулярно-генетических экспериментальных данных, полученных в институте. Философия нового направления исследований основана на необходимости обеспечения продовольственной и экологической безопасности, которые выходят на первый план в условиях ускоряющихся антропогенных изменений. Исследователи сотрудничают с научными группами Франции, Германии и Бельгии и ведут совместные работы с учёными из других институтов России. В настоящее вовремя обязанности заведующего лабораторий возложены на кандидата биологических наук Бондаренко Екатерину Валерьевну. |
Сотрудники
Старший научный сотрудник: кандидат биологических наук Казакова Елизавета Александровна
Научный сотрудник: Бабина Дарья Дмитриевна
Научный сотрудник: Горбатова Ирина Васильевна
Научный сотрудник: Миценык Анастасия Сергеевна
Научный сотрудник: Пишенин Иван Андреевич
Научный сотрудник: Подлуцкий Михаил Сергеевич (аспирант)
Научный сотрудник: Подобед Марина Юрьевна
Научный сотрудник: Шестерикова Екатерина Михайловна
Младший научный сотрудник: Блинова Яна Александровна
Сотрудники лаборатории № 8 (слева направо): Бондаренко Е.В., Подобед М.Ю., Бабина Д.Д., Шестерикова Е.М., Пишенин И.А., Волкова П.Ю., Подлуцкий М.С., Горбатова И.В., Казакова Е.А., Миценык А.С., Блинова Я.А.
Основные направления деятельности лаборатории
- Проведение полевых и контролируемых экспериментов по изучению действия ионизирующего излучения отдельно и в комбинации с абиотическими стрессорами на модельные и сельскохозяйственные растения.
- Внедрение в практику института современных высокопроизводительных методов анализа радиобиологических эффектов, включая геномику, транскриптомику, метаболомику и подходы биоинформатики.
- Работа с каллусными культурами растений для расшифровки механизмов перекрёстной устойчивости к действию множественных стрессоров, включая ионизирующее излучение.
- Проведение полевых исследований на дикорастущих растениях в зонах техногенных аварий.
- Исследование возможности применения направленного и радиационного мутагенеза для выявления детерминант устойчивости к сочетанным стрессовым воздействиям.
- Прикладные исследования по получению новых линий ячменя обыкновенного и люпина белого методами генетического редактирования.
- Исследования совместного действия протонного облучения и клиностатирования на дикорастущие и сельскохозяйственные растения для целей космической радиобиологии.
Основные методы исследований
Транскриптомика, метаболомика, геномика, ПЦР в реальном времени, ДНК-маркеры, метилирование ДНК, биохимические анализы (активность ферментов, низкомолекулярные антиоксиданты, маркеры окислительного стресса, фитогормоны), флуоресценция хлорофилла, биоинформатическая обработка данных, каллусные культуры, гидропоника, морфологические анализы, острое и хроническое облучение, γ-излучение, протоны, электроны, нейтроны, генетическое редактирование, CRISPR-Cas9, CRISPR-Cas12a, дикорастущие растения, резуховидка Таля Arabidopsis thaliana, ячмень обыкновенный Hordeum vulgare, люпин белый Lupinus albus, люпин узколистный Lupinus angustifolius, люпин жёлтый Lupinus luteus, латук посевной Lactuca sativa.
Основные публикации за 2019-2021 гг. (статьи в рейтинговых журналах, монографии). РИДы (патенты, свидетельства):
1. Pishenin I.A., Gorbatova I.V., Kazakova E.A. et al. Free amino acids and methylglyoxal as players in the radiation hormesis effect after low-dose irradiation of barley seeds. Agriculture. 2021. V. 11. 918. doi: agriculture11100918
2. Volkova P.Yu., Duarte G.T., Kazakova E.A. et al. Radiosensitivity of herbaceous plants to chronic radiation exposure: Field study in the Chernobyl exclusion zone. Science of The Total Environment. 2021. V. 777. 146206.
3. Duarte G.T., Volkova P.Yu., Geras’kin S.A. A pipeline for non-model organisms for de novo transcriptome assembly, annotation, and gene ontology analysis using open tools: case study with Scots pine. Bio-protocol. 2021. 11(03). e3912. doi:10.21769/BioProtoc.3912
4. Babina D., Podobed M., Bondarenko E. et al. Seed gamma irradiation of Arabidopsis thaliana ABA-mutant lines alters germination and does not inhibit the photosynthetic efficiency of juvenile plants. Dose-Response. 2020. DOI: 10.1177/1559325820979249 (IF 2.451)
5. Gorbatova I.V., Kazakova E.A., Podlutskii M.S. et al. Studying gene expression in irradiated barley cultivars: PM19L-like and CML31-like expression as possible determinants of radiation hormesis effect. Agronomy 2020, 10(11), 1837; doi:10.3390/agronomy10111837 (IF 2.603)
6. Volkova P., Clement G., Makarenko E. et al. Metabolic profiling of gamma-irradiated barley plants identifies reallocation of nitrogen metabolism and metabolic stress response. Dose-Response. 2020. 18(1):1559325820914186. (IF 2.451)
7. Volkova P.Yu., Duarte G.T., Soubigou-Taconnat L. et al. Early response of barley embryos to low- and high-dose gamma-irradiation of seeds triggers changes in the transcriptional profile and an increase of hydrogen peroxide content in seedlings. Journal of Agronomy and Crop Science. 2020. doi: 10.1111/jac.12381 (IF 3.057)
8. Duarte G.T., Volkova P.Yu., Geras'kin S.A. The response profile to chronic radiation exposure based on the transcriptome analysis of Scots pine from Chernobyl affected zone. Environmental Pollution. 2019. V. 250. P. 618-626. doi: 10.1016/j.envpol.2019.04.064 (IF 6.792)
9. Geras’kin S., Volkova P., Vasiliyev D. et al. Scots pine as a promising indicator organism for biomonitoring of the polluted environment: A case study on chronically irradiated populations. Mutation Research/Genetic Toxicology and Environmental Mutagenesis. 2019. V. 842. P. 3-13. doi: 10.1016/j.mrgentox.2018.12.011 (IF 2.506)